色谱系统由泵、进样器、色谱柱、检测器、数据分析系统等5大部分组成，每个部分都可能发生故障需要检修

在日常工作中，色谱柱是最容易出现问题的部件，如出现柱压、峰形、保留时间等异常。例如压力过高，则主要考虑柱子堵塞或色谱柱污染。许多压力问题是由于系统或保护柱的阻塞。如果柱压高可采取如下措施：（1）冲洗柱子，排除柱污染和填料堵塞；高分子量／被吸附化合物；样品或缓冲液中的沉淀物。（2）反冲柱子，清洁阻塞的滤头；（3）或直接更换滤头。为了预防分析过程中出现压力问题，样品在分析前一定要过滤，流动相也需要超声过滤。如条件允许可在分析柱前加保护柱。峰形异常也是日常分析中经常遇到的问题如裂峰、峰拖尾、宽峰、低柱效、出现鬼峰等。许多峰形问题是结合在一起的，例如:展宽和拖尾或拖尾和保留时间增加。这可能的原因很多，主要的原因有四个，（1）柱污染（2）部分阻塞滤片（3）柱头塌陷（4）溶剂效应。而峰拖尾、变宽和柱效降低可能的原因有（1）柱“次级效应”（2）柱塌陷（3）柱污染（4）柱老化（5）柱负荷超载（6）柱外效应。